Выход в Премьер-лигу
В декабре 2010 года руководство «Краснодара» объявило о подписании контракта с сербским специалистом Славолюбом Муслиным, хорошо известным в России по работе со столичным «Локомотивом» и подмосковными «Химками». Контракт с клубом подписан по схеме «1,5 + 1». Во второй половине января 2011 года клуб также усилился игроками, имевшими опыт выступления в РПЛ — Анджелкович, Лахиялов, Мичков.
После того, как финансовые проблемы «Сатурна» вынудили команду прекратить существование, а «Амкар» — задуматься о добровольном уходе из Премьер-лиги в высших футбольных кругах развернулась дискуссия о потенциальных кандидатах на замену этим клубам. Назывались следующие команды: занявшие 3 и 4 место в первом дивизионе «Нижний Новгород» и «КАМАЗ» и «Алания», вылетевшая из Премьер-лиги. Однако в случае снятия обеих команд приоритетным считался вариант проведения чемпионата с 14-ю командами. В итоге ближе к 25 января 2011 года — дню принятия решения — всё более предпочтительными становились шансы «Краснодара». «Амкар» сохранил прописку в РПЛ, «Нижний Новгород» и «КАМАЗ» отказались от перехода в высший дивизион по финансовым причинам, а вариант с «Аланией» РФПЛ посчитал нарушением спортивного принципа. 25 января официально занял место «Сатурна» в Премьер-Лиге. За 3 сезона клуб проделал путь от создания по выхода в высший дивизион страны, при этом ни разу не получал повышения «напрямую».
Краснодар стал первым немосковским городом, получившим своё локальное дерби в Премьер-лиге.
Рекорды и интересные факты
Первый официальный матч и первое набранное очко: 12 апреля 2008 года. г. Таганрог. Стадион «Торпедо», «НИКА» (Красный Сулин) — «Краснодар» — 0:0 (0:0).
Первый гол в официальных матчах: 16 апреля 2008 года, стадион «ФГУП-Юг Спорт», г. Сочи. «Жемчужина-Сочи» — «Краснодар» 0:1 (0:0) Денис Дорожкин — 66 минута
Первый «дубль» в официальных матчах: 19 апреля 2008 года, стадион «Труд», г. Краснодар. «Краснодар» — «Автодор» (Владикавказ) 3:0 (1:0) Денис Дорожкин — 48, 71 минуты
Первый хет-трик в официальных матчах: 30 апреля 2008 года, стадион «Труд», г. Краснодар. «Краснодар» — «Астрахань» 5:1 (2:0) Андрей Гацко — 17, 55, 65 минуты
Самая крупная победа: 10 июля 2008 года, стадион «Труд», г. Краснодар. «Краснодар» — «Сочи-04» 5:0 (5:0) Голы: Дорожкин, 3; Извеков, 13, 27; Пономарев, 17; Гацко, 23; (все «Краснодар»)
Самая крупная победа в первом дивизионе: 4 ноября 2009 года, Краснодар. Стадион «Кубань». «Краснодар» — «Алания» (Владикавказ) — 5:1 (3:1).
100-й гол в первенстве России: 14 октября 2009 года. Краснодар. Стадион «Кубань». «Краснодар» — «Луч-Энергия» (Владивосток) — 3:1 (1:0). Александр Олейник, 53 минута (3:0).